Remontémonos a los 90’s, el segundo juego de Metroid había sido puesto en libertad en 1991 y los fans ya estaban pidiendo el tercero antes de que terminara el año. Público exigente, pero la razón de esto fue que el Super Famicom había sido lanzado en Japón a finales de 1990 y todas esas grandes series como Zelda y Castlevania habían conseguido estar en los 16 bits. Así que los fans de Samus no podían esperar a ver lo que Nintendo podría llevar a cabo con esto en el mundo de Metroid.
Concebido un 19 de Marzo de 1994, Super Metroid, también conocido como Metroid 3, fue desarrollado por Nintendo para la Super NES con un cartucho de 24 megas y se esperaba que con la conducción de alimentación de 16 bits en la consola de sobremesa de Nintendo, el mundo de Metroid fuese descubierto como nuca antes. Y el equipo de R&D1 no lo hizo mal, ya que esta tercera entrega fue en su tiempo el juego más grande disponible para esta consola.
La historia se remonta automáticamente después de Metroid II donde la exterminación de Metroides en SR388 se llevo a cabo. El tercer capítulo de la saga comienza con Samus relatando como trajo la cría Metroid a la Colonia Espacial Ceres para que los científicos la estudiaran. Aquí es donde ellos descubren que el Metroid, originalmente pensado para ser una amenaza a la vida en cualquier parte, podría ser utilizado en beneficio de la galaxia gracias a sus capacidades de producción de energía.
Una vez que Samus se asegura de que las cosas marchan aparentemente bien, abandona Ceres dejando el Metroid bajo el cuidado de la Colonia Espacial. Sin embargo, poco después de salir, recibe una llamada de auxilio de dicha estación, por lo que vuelve inmediatamente a investigar. Bajo una ardua exploración, Samus descubre los cuerpos de los científicos muertos. La cápsula del Metroid estaba fuera de su lugar y tras la continuación de su búsqueda, Samus encuentra a su viejo némesis, Ridley y a los piratas espaciales, una vez más, con la cápsula del Metroid en su poder.
Tras un enfrentamiento, Ridley logra escapar, activando a su paso el sistema de autodestrucción, Samus debe escapar lo más rápido posible, pero las cosas no se quedarán así… el rastro de Ridley lleva a nuestra heroína de vuelta a Zebes, donde deberá enfrentar las amenazas del Cerebro Madre una vez más. Al aterrizar en la superficie de Criteria mira lo que ya se temía: los laboratorios de de los piratas han sido reconstruidos. Pero por si las cosas no pudieran ponerse peores, en ese momento la cría Metroid se transforma en una amenaza de grandes proporciones para todo el universo.
La inmensidad del mundo de juego que Nintendo ofrecía esta vez, aunado a la libertad de acción, exploración e investigación, posicionó a este juego en 2D como uno de los exponentes más importantes de la época para Super Nintendo Entertainment System. Y con un nuevo arsenal a su disposición como el Grapple Beam, el Charge Beam, el Ice Beam, un visor de Rayos-X y una cantidad considerable de aparatos más, Samus recorrerá Norfair, Maridia, Wrecked Ship, Tourian y otros lugares, en busca de nuevas amenazas como los Mochtroids: imitaciones robóticas de los Metroides… y a viejos enemigos.
Nada representa una verdadera amenaza, hasta que la caída de nuestra heroína se suscita en su llegada a Tourian, donde es atacada por una larva Metroid de tamaño descomunal. El Súper Metroid comienza a absorber la energía de la caza recompensas dejándola al borde de la muerte, sin embargo, la larva se detiene en un acto compasivo para luego marcharse. Samus comprendió lo que sucedía, ese Metroid era el que ella había rescatado en SR388.
Debilitada, se dispone a terminar con todo esto, se enfrenta al Cerebro Madre a quién logra neutralizar, sin embargo Samus no está en condiciones de continuar, por lo que cae rendida; la amenaza está lejos de ser derrotada, el líder de los Piratas está decidido a darle el golpe de gracia, pero una faceta irónica del destino salvará a la heroína: El Super Metroid se lanza contra el enemigo y extrae su energía hasta dejarlo inconsciente, posterior a esto, la energía le es traspasada a Samus quién cuenta ahora con sus fuerzas renovadas.
El Cerebro Madre recupera la consciencia, desata su furia contra el Metroid que interfiere en la exterminación de «La cazadora» y emite un sonoro chillido antes de morir. Samus se lanza ciega de ira… atacando con todo su poder. El Cerebro no puede resistir y acaba por sucumbir finalmente ante ella. Por último y sin tiempo de sobra, Samus debe abandonar apresuradamente Zebes, que comenzó a volverse inestable. En el momento preciso en el que la nave de Samus se aleja de la órbita, el planeta explota en mil pedazos.
Nunca una tercera parte se consagró una de las mejores aventuras de una trilogía tal como Super Metroid lo hizo, este juego revolucionó la era de los 16 bits y tomó parte importante dentro de la historia de los video juegos. Su éxito traspasó los años, pues Super Metroid fue lanzado para la Consola Virtual de Wii un 20 de agosto de 2007 en América del Norte, como parte del llamado «Mes Metroid».